Voici les aventures des frères Mario et Luigi, plombiers New-Yorkais qui, lors d'une réparation de canalisation de routine, tombent dedans et se retrouvent projetés dans un monde étrange dirigé par un odieux et impitoyable tyran, Koopa. Les deux frères vont s'associer avec la Princesse Daisy et son serviteur Toad pour libérer le monde de ce tyran. Ils vont vivre un tas d'aventures variées, jouant divers rôles selon le lieu où il se trouvent ou le thème de l'épisode du jour