En l'an 200X, le monde de l'électronique est entièrement relié à Internet. Personne, riche ou pauvre, ne vit désormais sans son PERSONAL TERMINAL (PET) contenant une intelligence artificielle NETNAVI. Malgré les énormes avancées et progrès que permettent ces périphériques pour le confort des humains, le hacking, les virus et autres crimes technologiques sont hélas devenus le principal fléau de ce siècle... Dans la ville de DenTech city, vit un jeune garçon, Lan Hikari, dont le père a crée pour lui un Netnavi personnel avec lequel il devient Mégaman, sorte de superhéros high-tech... Fort de pouvoirs et capacités impressionnantes, Lan et tous ses amis (disposant aussi de Netnavis du même genre) vont résoudre les énigmes du web et combattre les instigateurs malfaisants des complots qui menacent ce monde informatique...